Imperium Kombinatu najeżdża i przejmuje kontrolę nad rodzinną planetą Vortigauntów (której nigdy nie widzieliśmy), ostatecznie zamieniając całą planetę w rasę niewolników, wliczając w to ich przywódcę, Nihilantha. Wywiązuje się długa i zacięta walka, podczas której Vortigaunty uciekają z jednej planety na drugą, walcząc lub ukrywając się przed siłami Kombinatu. Przyparci do muru uciekają do granicznego świata Xen, gdzie oczekują swojego końca. Xen jest w czymś rodzaju "stacji metra" we wrzechświecie, z której można przechodzić w inne wymiary. Marc Laidlaw nazywa ją "międzywymiarowym wąskim gardłem--miejscem nieustannych sporów".

(Krótka inforamcja na temat Xen: Marc Laidlaw poweiedział, że "Xen nie ma rodzimych elementów", przez co nalezy rozumieć, że życie na Xen mieszaniną stworzeń z całego wrzechświata, które - z własnej woli lub nie - zostały tam przeniesione. Będę nazywał stworzenia z Xen "Xenianami", w co należy wliczać headcraby, ant-liony, virtigaunty, całą resztą "rasy Nihiliantha" itd.)

Kombinat używa swojej typowej techniki aby zniszczyć Xenian. To jest, hybrydyzują dominujące gatunki planety (w wypadku Xen - Vortigauntów) własną technologią, by stworzyć "Super żołnierza" zaadaptowanego do warunków Xen i używania potężnej technologii Kombinatu. (Właśnie to zamierzają zrobić na Ziemi). Nihilanth i jego lud zacięcie walczą z Kombinatem.

Na Ziemi Gordon pracuje nad doktoratem na MIT (Massachusetts Institute of Technology). W Black Mesa, w Nowym Meksyku mają miejsce eksperymenty z teleportacją. Pod nadzorem naukowców, Eli’ego Vance'a i doktora Kleinera, pozyskiwane są kryształy z Xen, a istoty organiczne badane. Badania rozwijają się.

Konkurent do funduszy rządowych względem Black Mesa, Aperture Science, również tworzy własną technologię Portali w wielu placówkach badawaczych, wliczając w to Borealis, statek naukowo-badawczy. Pewnego dnia, najwidoczniej na skutek nieszczęśliwego wypadku, Borealis znika z powierzchni Ziemi, zabierając ze sobą całą załogę i pasażerów. GLaDOS, system sztuczej inteligencji Aperture Science zostaje pierwszy raz uruchomiony w jednym z ośrodków badawczych Aperture.

Czekają na ciebie Gordon, w komorze testowej.

(i) G-Man aranżuje Kaskadę Rezonansową, "G-Man", bardzo tajemnicza osoba w Black Mesa, której motywy działania są odmienienne zarówno w stosunku do tych, jakie przemawiają przez ludzi, jak i Kombinat. Wywołuje on kaskadę rezonansową w sekcji Materiałów Anormalnych kompleksu Black Mesa poprzez podsunięcie do testów specjalnej próbki. Jej dobór zostaje ukryty przed naukowcami poprzez wywołanie awarii systemu komunikacji między nimi. Kaskada rezonansowa wydziera dziurę w czasoprzestrzeni i formuje portal między Ziemią, a Xen. Rasa Nihilantha wykorzystuje dziurę czasoprzestrzenną jako drogę ucieczki. Oczywiście headcraby i inne dzikie zwierzęta z Xen skorzystały z tego portalu i także przeniosły się na Ziemię, dla zabawy. Black Mesa pogrąża się w chaosie, kiedy Jednostka do Walki w Niebezpiecznym Środowisku, z dywizji Marynarki Stanów Zjednoczonych zostaje wysłana aby stłumić rezultaty Kaskady Rezonansowej, wliczając w to wszystkich ludzi.

Kaskada rezonansowa wywołuje tak olbrzymi wpływ na naturę, że zauważa to Imperium Kombinatu i zwraca swoją uwagę na Ziemię.

Jednakże, jeden człowiek w kombinezonie HEV, podczas tych wydarzeń, zwraca na siebie uwagę G-Mana. Gordon Freeman, nowo zatrudniony w instytucie Materiałów Anormalnych, wykazuje wyjątkowe zdolności podczas walki z szeregowymi Xenianami i żołnierzami armii amerykańskiej. Największe zainteresowanie G-Mana wywołuje podróż Freemana na Xen (Xenianie uważają, że stanowi on takie samo zagrożenie, jak Kombinat) i pokonanie Nihilantha. G-Man jest pod wrażeniem.

Black Mesa zostaje zniszczone w wybuchu atomowym (informacja pochodząca z OF). Przeżyło kilka osób, w tym Wallace Breen administrator Black Mesy; Barney Calhoun, strażnik; dr Issac Kleiner, prominentny naukowiec Black Mesy; dr Eli Vance; i oczywiście Alyx Vance, córka Eliego. G-Man ma co do niej okreslone plany.

(ii) Gordon zostaje zatrudniony - Na końcu Half-Life'a G-Man, pod wrażeniem twoich dokonań, daje Gordonowi szansę wyboru pomiędzy śmiercią, a pracą dla niego. Fabuła Half-Life 2 zakłada, że wybrałeś życie zamiast śmierci. Po tym, jak wybierasz pracę dla G-Mana, umieszcza cię on w wolnym teleporcie (zapadasz w letarg), by wezwać cię, kiedy będziesz potrzebny.

Niestety, mimo iż Black Mesa została zrównana z ziemią, ludzkość ma jeszcze odczuć skutki tej katastrofy. "Burze Portali", najprawdopodobniej efekt uboczny kaskady rezonansowej, tworzą przejścia między Xen, a Ziemią. Burze rozprzestrzeniają się po całej Ziemi tworząc tymczasowe, bezładne i niszczące połączenia między Xen iZiemią. Obcy (z Xen) wszystkich gatunków są teleportowani na przedmieścia ludzkich miast. Headcraby pełzają w zaułkach, podczas gdy inne są teleportowane bezpośrednio do basenów i domów. Ziemię opanowuje kompletny chaos. Oswobodzone Vortigaunty uciekają na Ziemię aby uciec przed Kombinatem.

Następują ogromne migracje ludności. Aby uciec przed potworami ludzie przenoszą się do miast, chronieni przez żołnierzy i zasieki z drutu kolczastego. Ludność Ziemi znów czuje się pewnie, znów może żyć bezpiecznie w granicach miast, podczas gdy obcy zaczynają panować poza ich granicami. Pod powierzchnią ziemi tworzą się rozległe sieci gniazd antlionów, stając się domem dla milionów nowych gatunków.

Kombinat, który obserowował Ziemię od czasu kaskady rezonansowej decyduje się na podjęcie akcji. Plan obejmuje przejęcie kontroli nad Burzami Portali i wykorzystanie ich na własną korzyść, aby przeprowadzić inwazję na Ziemię. Teraz Xenianie zalewają Ziemię, więc Kombinat może zapomnieć o planecie Xen i zniewolić ludzi i rasę Nihilantha za jednym zamachem, na Ziemi.

Kombinat używając portalu pomiędzy Xen, a Ziemią jako drogi transportu, rozpoczyna zmasowany atak wszystkimi siłami na całą Ziemię, wysyłając desantowce, szturmowce i Stridery z dalekich placówek. Kombinat używa tych samych technik na ludziach, których użyli na Xenianach, budując super armię z kombinacji DNA dominującego gatunku Ziemi (ludzi) i technologii Kombinatu.

Główna Cytadela zostaje założona w Mieście 17. Ta olbrzymia budowla stanowi centrum dowodzenia Kombinatu na Ziemi. To tu jest tworzona Armia Kombinatu, łącznie z pojazdami i uzbrojeniem. Obecność Kombinatu zostaje zauważona także w innych miastach na Ziemi. (Wspomina się, że na świecie mogą istnieć inne Cytadele, połączone siecią).

Podczas walki ludzi z Kombinatem, obie strony doświadczają oporu ze strony rasy Nihilantha. Oswobodzone Vortigaunty zawiązują sojusz z siłami rebeliantów, chcąc zemścić się na Kombinacie. Headcraby, jakt o one, atakują każdą napotkaną istotę. Inne potwory atakują i ludzi, i Kombinat.

Zostaje wprowadzony następny etap planu Kombinatu. Wallace Breen, nadal optymistycznie nastawiony do inwazji Kombinatu, staje się Zarządcą Ziemi, tak jak obiecywano mu w Black Mesa. Breen kieruje poddaniem się Ziemi, tłumacząc że Kombinat jest tu żeby pomóc i dać ludzkości nieśmiertelność. Zostaje przekonany, że poniesienie ofiar jest nieuniknione w okresie przejściowym, po którym to Ziemia dołączy do Unii Powszechnej. Breen oficjalnie "poddaje" Ziemię po 7 godzinach walki pomiędzy ludzkością, a Kombinatem. Breen będąc człowiekiem także pomaga Kombinatowi. Breen staje się przywódcą gatunkowym (jak Nihilanth na Xen) - to pomaga szerzyć kłamstwo, mówiące że niewola ludzkości jest dobrą rzeczą, a ludzie widząc człowieka u władzy, uwierzą że dzieje się tak dla ich własnego dobra.

Większość głównych ośrodków populacji na Ziemi zostaje zniszczona. Ludzie przeprowadzają się na wieś, chcąc uniknąć schwytania przez Kombinat. Na wsi, w trudno dostępnych terenach, zaczynają się pojawiać małe grupy powstańców. Tam też gnieżdżą się zwierzęta przybyłe z Xen, które przyjęły ziemski ekosystem. Breen, dalej pod wpływem Kombinatu, ignorując ludobójstwa, postrzega rebeliantów jako grupę krótkowzrocznych awanturników.

Pozostałe zaludnione tereny są nazywane kolejno Miasto 1, Miasto 2... Miasto 17, Miasto 27, itd. i są przekazywane pod kontrolę Kombinatu, który przejawia już powszechną obecność na Ziemi. Siedziba ONZ w Nowym Jorku zostaje przejęta i zniszczona. [ screen z laboratorium Eli'ego ]

W międzyczasie wszyscy naukowcy opuszczają placówki Aperture Science, wliczając w to główne centrum naukowe. Mają miejsce wydarzenia z Portalu.¹ 'Aperture Science Hand-Held Portal Device' nieumyślnie zostaje pozbawione kontroli, jednak nie wiadomo co z tego wynika.

Wallace Breen zajmuje pomieszczenie na najwyższym piętrze Cytadeli w Mieście 17, stamtąd próbuje zdławić powstanie. Breen próbuje pocieszać ludzkość tworząc więź między nią a sobą. Robi to kontrolując media. Przez olbrzymie ekrany telewizyjne ustawione w centrach miast. Gazety, telewizja i inne środki komunikacji są cenzurowane, a ich treść kontrolowana.

Przekaz Breena jest prosty: ludzkość nie powinna w żaden sposób opierać się podczas okresu przejściowego, w którym ludzie będą się integrować z Kombinatem. Wierzy, że ludzkość musi się poświęcić, wchodząc do Unii Powszechnej i usprawiedliwia ten krok. Breen naprawdę wierzy, że dołączenie się do Kombinatu będzie miało pozytywne skutki dla ludzkości i pragnie aby inni także przekonali się do jego punktu widzenia. Po Burzach Portali ludzie żyją w takiej anarchii, że wierzą w każde zapewnienie Breena.

Nadzór przekonuje, że będzie kontynuować ochronę ludności miast przed obcymi z zewnątrz, więc ludzie pełni strachu dalej żyją w miastach w obawie o życie swoje i swoich bliskich. Rozpoczyna się brutalne panowanie Nadzoru.

Zobowiązania Breena wobec Kombinatu także są jasne. Ma on teraz przygotować Ziemię dla Kombinatu. Musi wyeliminować wszelki opór wobec Kombinatu. Korzystając z "nalotów" i sił "obrony cywilnej", Breen łapie i zmienia opornych w stalkerów [aby zobaczyć definicję, zobacz dział Dodatkowe Informacje], ludzkich niewolników. Ponadto, Nadzór próbuje ponownie zniewolić Vortigaunty, odnosząc pewne sukcesy. Nadrzędnym celem Kombinatu jest przekonwertowane wszystkich ludzi w stalkerów, a Vortigauntów w niewolników, jakimi byli przed wyzwoleniem ich przez Gordona. Kwiat ludzkiej inteligencji zbierany jest w Nova Prospekt, gdzie wykorzystywany jest do eksperymentów, mających na celu pozyskanie jak największej wiedzy o ludzkości, zanim zostanie ona zniszczona. Wszystko to prowadzi do zmiany zamiarów wobec ludzkości - ma ona się stać rasą niewolników.

Władca Kombinatu zarządził kilka zadań przejściowych, wykorzystując do tego Breena. Po pierwsze, Nadzór ustanowił Pole Tłumiące, aby zapobiec prokreacji wśród ludzi (powstawanie określonych cząstek ważnych dla rozwoju embrionu zostaje zablokowane). Zrobił to, by nie narodził się żaden nowy człowiek i populacja która jest na Ziemi była jej ostatnią generacją. Dodają także substancje biochemiczne do zasobów wody, by ludzie stopniowo tracili pamięć, tak, by łatwiej dali się podporządkować Breenowi i Kombinatowi - by zapomnieli za co ich nienawidzą. I w końcu, Kombinat rozpoczyna osuszanie wszystkich ziemskich oceanów. Czynności te pokazują, że Kombinat przygotowuje Ziemię na swoją nową siedzibę.

(iii) Zostaje ustanowiona Jednostka Obrony Cywilnej - Zobacz Dodatkowe Informacje

Udział w Powstaniu Ludzi, to pierwsze oficjalne zadanie Gordona i jego drugie pod nadzorem G-Mana. G-Man wyciąga Gordona z wolnego teleportu, aby wykonał swoje zadanie. Kiedy obecność Gordona zostaje odkryta, Wallace Breen stawia na pierwszym miejscu jego schwytanie lub zabicie i przekazuje ten rozkaz oficerom Nadzoru Kombinatu.

Gordon wyślizguje się pościgom Kombinatu zdążając do Nova Prospekt, zadając potężny cios siłom Kombinatu. Powoduje to rewolucję na masową skalę wśród obywateli, którzy zaczęli stawiać dużo większy opór niż poprzednio. W Mieście 17 szaleje chaos, kiedy Wallace Breen i oddziały Nadzoru Kombinatu próbują desperacko powstrzymywać rozszerzającą się rewolucję; Cytadela zostaje przestawiona w tryb bojowy, a żołnierze Kombinatu zalewają ulice. Vortigaunty-uchodźcy z Xen, sprzymierzeni z ruchem oporu, postrzegają Kombinat jako największe zagrożenie. G-Man przewiduje podróż Gordona, i wspiera go kiedy zachodzi taka potrzeba.

Na końcu HL2 wykonujesz swoje zadanie, destabilizując Cytadelę w Mieście 17, tron Kombinatu na Ziemi. W rezultacie pada system komunikacji Kombinatu, a siły Kombinatu zostają rozbite i pozbawione dowództwa.

G-Man wprowadza Gordona z powrotem w stan letargu, nie jest już potrzebny. Ma także zamiar przetransportować Alyx, kiedy zostaje uprzedzony przez grupę Vortigauntów. Materializują się, ratują Alyx i odtransportowują ją poza Cytadelę. Wybudzają Gordona z letargu i przenoszą go w okolice miejsca pobytu Alyx. Wszystko to dzieje się wbrew woli G-Mana. W konsekwencji, Vortigaunty przejęły kontrolę nad Gordonem uniemożliwiając GManowi interweniowanie w jego przygody. G-Man musi prosić Gordona by ochraniał Alyx i razem z Vortigauntami ratował jej życie w Epizodzie 2.

W momencie zniszczenia reaktora Breena przez Alyx i Gordona, Kombinat na Ziemi stracił podstawową metodę komunikacji ze swoimi przywódcami. Planuje wykorzystać pozostałości zasobów Cytadeli, aby stworzyć "super-portal". Aby to zrobić Kombinat musi wysłać ostatni pakiet transmisyjny na swoją ojczystą planetę. W nim zawarte są dane umozliwiające dostęp do portalu - sprowadza się to właściwie do jednego, prośby o uzyskanie dużego wsparcia. Doprowadzi to do śmierci wszystkich rebeliantów i sprowokuje ewakuację miasta. Kombinat przygotowuje się także do wystrzelenia kapsuł ratunkowych z pozostałymi przedstawicielami własnego gatunku, co będzie miało miejsce podczas zapaści reaktora.

Dlaczego Vortigaunty wybudziły Gordona z letargu i przeniosły poza Cytadelę? Myślę, że chciały aby Gordon powstrzymał lub przynajmniej opóźnił zniszczenie Cytadeli. Chcieli, aby ustabilizował rdzeń reaktora Cytadeli, pozwalając rebeliantom i pozostałym Vortigauntom ewakuować się z miasta przed jego zniszczeniem.

Dlaczego G-Manowi nie podoba się to, co robią? Według mnie, G-Man chce, żeby reaktor został zniszczony, a pakiet transmisyjny przesłany, za wszelką cenę. Dlaczego? Ponieważ G-Man ze wszystkich sił próbuje zwabić na Ziemię resztę sił Kombinatu. Wygląda na to, że od początku był to jego plan i powód, dla którego wybrał Gordona do zniszczenia Cytadeli. Chce ściągnąć Kombinat na Ziemię, aby walczył tutaj lub chce odwrócić ich uwagę i w tym samym czasie pokierować uderzeniem na ojczystą planetę Kombinatu. G-Man tak to widzi: podczas zniszczenia Miasta 17 zginą setki ludzi i Vortigauntów, ale jeśli wiadomość zostanie wysłana, G-Man może wygrać wojnę międzygalaktyczną. Z drugiej strony, Vortigaunty bardziej troszczą się o życie rebeliantów i mieszkańców Miasta 17, niż o wygranie wojny.

Nieszczęśliwie dla G-Mana, Gordon i Alyx stabilizują rdzeń (przynajmniej na kilka godzin) aby umożliwić ewakuację ruchowi oporu. Jednak to daje Kombinatowi na tyle czasu, aby przesłać wiadomość, a także pomyślnie wystrzelić z Cytadeli kapsuły ratunkowe. Zostają one rozrzucone po terenach otaczających Miasto 17. W rezultacie zostaje otwarty olbrzymi super-portal i czeka jedynie na otwarcie wrót międzygalaktycznych od strony Kombinatu.

Alyx i Gordonowi udaje się zabezpieczyć dwa pakiety transmisyjne wysłane z Cytadeli. W pierwszym z nich zawarte są koordynaty i instrukcje potrzebne do przekształcenia super-portalu w bramę do przesłania wojsk. Drugi pakiet jest bardziej intrygujący - zawiera dokładne plany i koordynaty wskazujące położenie zaginionego frachtowca Borealis. Na pokładzie prawdopodobnie znajduje się technologia do tworzenia portali, znacznie bardziej zaawansowana, niż ta z Black Mesy.

Pomimo trwania ciągłych ataków, wspomożeni przez kod pochodzący z przejętego pakietu, siłom rebelianckim udaje się wystrzelić rakietę, która wspolnie z satelitą wystrzelonym 20 lat wcześniej podczas kaskady rezonansowej, ma pomóc w zamknięciu super-portalu. Na jakiś czas Kombinat zostaje odsunięty na dystans. Jednak, jak przekonali się Gordon, Alyx i (niestety) Eli, wylęgnięci Władcy Kombinatu nadal poruszają się po wiejskich terenach, żywiąc się rebeliantami.

Co stanie się dalej będzie, oczywiście, ukazane w Epizodzie 3.

Więc kim jest G-Man? Odwiedź dział Dodatkowe Informacje aby uzyskać więcej danych.